Ved sjøen er bredden av dalen ikke mer enn 150 meter, her er også Guds mor kirke, tilsynelatende bygget på stedet for et gammelt tempel. I 1957/1958 ble de første utgravningene utført av arkeologforeningen Vest-Kreta. Det ble oppdaget verdifulle rester av bygninger og gjenstander som blant mange andre ledetråder antyder eksistensen av et tempel til guden Asclepius. I 1957 kom et lite, vakkert tempel Asklepios ved et uhell.
Den internasjonalt anerkjente arkeologen Nikolaos Platonas rapporterer at i Lissos er det rester av en polygonal mur, deler av bygninger, rester av termiske bad, ruiner av granittkapeller, et lite teater fra den gresk-romerske perioden, bad for behandling av syke. Skråningene rundt den lille dalen Agios Kirkos er fulle av graver som ikke er hugget inn i berget, men hver grav er en liten bygning.
Inngangene til disse gravene, som ofte til og med har to etasjer, er så små at bare en (ikke for overvektig) person kan få plass. Mange av disse gravene er pusset med mørtel på innsiden og i veldig god stand - disse gravene regnes som de mest imponerende på øya.
Lissos storhetstid var antagelig rundt 40 f.Kr. til Romerriket. Det var et lite tempel i dorisk stil bygget på store, utskårne steiner. Utgravningene fant et stort antall store og små offerbilder som representerte guden Asklepios, gudinnen "Ygia" og Pluton. De fleste ble funnet hodeløse; deres produksjon går tilbake til slutten av de hellenistiske og gresk-romerske epoker. De fleste figurene er klassiske.
Deler av templet til Asklepios er fremdeles der, og de runde buer er igjen. Litt lenger inne var det et vannsystem som var koblet til kilden til helligdommen. Videre ble det funnet mange mindre, gullgjenstander som vitner om rikdommen i denne lille byen og som nå kan beundres i de arkeologiske museene Chania og Heraklion.
Lissos var også kjent for vannet fra de lokale helbredende kildene og har blitt et stort vannsanatorium med besøkende fra hele Kreta og til og med fra nordkysten av Afrika. Byen har alltid hatt gode forbindelser med andre byer på den vestlige delen av Kreta, som Yrtakina, Siia, Eliros eller til og med Kalamadi, kanskje til og med tjent som en havn på Yrtakina.
Turen fra Paleochora tar omtrent 3,5 timer, fra Sougia 1,5 time. Ta med deg nok vann.
Det ser ut til at av alle disse gamle byene var det bare mynter som ble myntet i Lissos. Myntene viste sjøsymboler, hjelmer, Dioscuri-stjerner, bue og dirrer.